Cada pacote é processado por um núcleo diferente? Ou é um processo de thread único?
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Iptables é realmente apenas o front-end do espaço do usuário para o firewall do Linux, que é o netfilter. Netfilter é na verdade um sistema de ganchos no kernel em torno do processamento de pacotes. Cada pacote é processado pelo kernel disparando uma interrupção. Se o seu kernel equilibra interrupções em várias CPUs depende de sua idade. Veja este tópico no StackOverflow sobre isso.https://stackoverflow.com/questions/7467688/netfilter-hooks-on-multi-core-system
Como Nils mencionou, essas interrupções não seriam balanceadas por pacote. Eles seriam balanceados por IRQ (por interface) ou possivelmente movidos completamente para CPU diferente se alguém ficasse muito ocupado.