Eu construí um servidor para fins específicos, o único propósito deste servidor é baixar alguns dados de um alimentador de dados remoto (Internet) e fazer algum processamento de dados no servidor também.
A única conexão com a Internet que preciso é a conexão com o alimentador de dados remoto, o alimentador de dados possui um endereço IP estático.
Quais são as melhores medidas de segurança que preciso tomar para proteger meu computador contra infecção por vírus/trojans e impedir o acesso não autorizado pela Internet?
É um servidor Windows e há software de firewall e antivírus instalados, aliás.
Estou familiarizado com aplicativos HPC, então conheço algumas coisas sobre C/C++, apenas para garantir, se necessário.
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As melhores medidas de segurança são firewalls e software AV devidamente configurados. Você diz que tem; esperamos que você o tenha configurado corretamente.
Como nada no servidor deve ser acessível publicamente, não permita que nenhum tráfego que não tenha sido solicitado chegue ao servidor. Isso geralmente é feito com um firewall com estado.
Se o firewall for um software executado no servidor, isso geralmente está errado, se essa for a única camada de defesa que você tem da Internet. Se houver um bug no seu firewall baseado em host, você estará aberto a ser propriedade.