Meu cluster está executando a versão Grid Engine da Sun "GE 6.2u5 $ Data: 2009/12/01 12:24:06 $". Gostaria de enviar um único trabalho para a fila, definida por um script bash contendo vários comandos. A maioria dos comandos neste script só pode usar 1 CPU. No entanto, um único comando pode fazer uso de N CPUs. É possível solicitar de alguma forma mais processadores apenas para este único comando em meu script?
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Alocar recursos dinamicamente como esse é impossível com o SGE. A maneira correta de lidar com esta situação é dividir o script que define o trabalho em três partes: A,B,C onde A=script com comandos que precisam de onlu 1 cpu B=script com comando que precisa de N CPUs C=script com comandos que precisam de apenas 1 CPU
Então o truque é enviar esses três scripts como três trabalhos diferentes, com os dois últimos dependendo da conclusão dos dois anteriores.