Semelhante a como uma instância RDS exige que você escolha sub-redes específicas (que podem estar na sub-rede privada de uma VPC), os armazenamentos AWS S3 também podem estar fisicamente localizados na sub-rede privada de uma VPC?
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Na verdade, esse é um recurso muito recente do S3. Agora você pode definir endpoints com políticas de acesso em VPCs. Veja esta postagem do blog para obter mais informações: Endpoint VPC para Amazon S3