Eu tenho uma caixa com fedora, conectada ao vpn, encaminhamento feito pelo iptables, está tudo bem, e está sempre conectado, a interface vpn é ppp1, conectada através da interface pppoe: ppp0, mas às vezes costumo obter algum tráfego diretamente através ppp0 sem vpn, com a vpn ainda conectada, alguma ideia?
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Você não diz qual software VPN está usando. Isso se resume a um problema de roteamento.
Aqui está algo para você começar com o Linux Advanced Routing and Traffic Control Howto:
http://lartc.org/howto/lartc.rpdb.multiple-links.html
No OpenVPN, você pode fazer isso no lado do cliente ou no lado do servidor.
No cliente:
redirect-gateway def1
allow-pull-fqdn
route www.google.be 255.255.255.255 net_gateway