Temos uma VM CentOS 6 rodando Apache com vários hosts virtuais. Um (e apenas um) deles não funcionava intermitentemente.
O que eu estava vendo é que depois de reiniciar o apache, às vezes você obtém uma listagem de índice, outras vezes você obtém nosso site na intranet. Ainda mais estranho - o exemplo de host virtual que fornece uma lista de diretórios foi desativado! Ainda mais estranho foi que os aliases de servidor que configurei para o site da intranet sempre funcionaram.
Pelo menos no CentOS 6 - o apache é reiniciado automaticamente de vez em quando.
A solução temporária para recuperar nosso site da intranet foi reiniciar o Apache.
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Hoje (enquanto refletia sobre o que poderia ser o problema) eu corri
apachectl -D DUMP_VHOSTS
várias vezes seguidas e notei que o vhost padrão para a porta 443 estava alternando entre dois nomes de host. Um nem era o nome do vhost.
Fiz uma pesquisa reversa no endereço IP do servidor.
dig -x 1.2.3.4
E eis que dois registros 'A' retornaram. Um para o nosso site da intranet, um para o nome do host do servidor que usamos para fazer ssh nele, etc.
Alterar um deles para CNAME como deveria ter sido parece ter corrigido o problema. O servidor não está mais tendo crise de identidade.