Com a configuração Apache/mod_rewrite abaixo, recebo um erro 403 proibido para qualquer script CGI na raiz /var/www/. Não recebo nenhum erro para arquivos estáticos.
Scripts fora do diretório raiz, ou seja, /var/www/random/script.cgi funcionam normalmente sem erros.
Com o RewritedEngine desligado, os scripts CGI funcionam normalmente mesmo na raiz /var/www/
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin webmaster@localhost
DocumentRoot /var/www
<Directory />
Options FollowSymLinks
Options SymLinksIfOwnerMatch
AllowOverride All
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
</IfModule>
</Directory>
<Directory /var/www/>
Options +ExecCGI
Options SymLinksIfOwnerMatch
Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
AllowOverride All
Order allow,deny
allow from all
AddHandler cgi-script .cgi
DirectoryIndex index.cgi
</Directory>
<Files "index.cgi">
SetHandler perl-script
PerlHandler ModPerl::PerlRunPrefork
Options ExecCGI
PerlSendHeader On
allow from all
</files>
Responder1
Tente copiar um script que esteja funcionando para o root e veja se funciona caso seja algo que não tenha a ver com o conf. Use o sinalizador -p do cp para preservar coisas como permissão de execução. Por exemplo:
cp -p /var/www/random/script.cgi /var/www/script.cgi