Estou usando mensagens MSMQ não transnacionais e todas as mensagens estão sendo recebidas na fila, mas após 1-2 minutos todas as mensagens desaparecem e isso está acontecendo no aplicativo iis 2.0 e a mesma coisa funciona bem usando o visual studio.
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O problema parece resolvido usando o código abaixo e não há configuração do IIS, foi um problema de código:
// Espie e formate a mensagem.
msgQueue.Formatter = new BinaryMessageFormatter();
Message myMessage = msgQueue.Peek(new TimeSpan(0, 0, 3));
MailMessage mailMessage = (myMessage.Body as erializeableMailMessage).GetMailMessage();
if (SendMail(mailMessage))
{
msgQueue.Receive();
}