Eu realmente cometi um grande erro. Tenho uma partição sda6 para backup, ao gravar a iso em um pendrive, ao invés de digitar sdb6, digitei sda6, existe alguma forma de recuperar os arquivos
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É altamente provável que seus dados tenham desaparecido. Restaure a partir de seus backups ou pague para enviar sua unidade para uma empresa de recuperação de dados e reze para que eles consigam salvar parte dela.
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Existem muitas maneiras de restaurar arquivos de sistemas de arquivos, especialmente no Linux FS atualmente (ou seja, análise forense). Talvez você não consiga 100%, mas certamente poderá recuperar a maior parte, em alguns casos, tudo se tiver sorte e não tiver sobrescrito várias vezes no mesmo setor/blocos.
Se o seu sistema de arquivos não estiver danificado, significa que ele pode ser montado e apenas os dados foram excluídos/sobrescritos, então provavelmente você poderá obter seus dados. Caso contrário, se o sistema de arquivos estiver corrompido, é provável que você precise repará-lo primeiro e depois recuperá-lo (neste último caso, você poderá perder alguns dados).
De qualquer forma, você pode escolher entre uma distribuição Linux dedicada para recuperação de dados (veja distrowatch.com) ou usar alguma ferramenta como:
http://extundelete.sourceforge.net/
Esse é o ponto positivo do Software Livre de Código Aberto, você tem solução para quase tudo.
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Quando preciso restaurar algo, prefiro trabalhar nas imagens do dispositivo que desejo recuperar. Eu crio a imagem do disco ou partição em um sistema que me permite ter snapshots, como LVM, btrfs ou zfs. Isso me permite fazer alterações na imagem e poder reverter para qualquer instantâneo que tirei.
Como você sobrescreve parte do volume por outro material, pode confundir os programas de restauração. Seria melhor escrever com zeros a primeira parte que foi escrita com a imagem ISO9660. Depois disso, você pode usar algo como extundelete@ostendali mencionou or testdiske photorec.