MySQL falha ao iniciar por causa de init_file '/var/lib/mysql/.-.work.XNDQaWRXUvLyEEJx'

MySQL falha ao iniciar por causa de init_file '/var/lib/mysql/.-.work.XNDQaWRXUvLyEEJx'

Estou tentando descobrir por que o MySQL continua desligando todas as noites. Especificamente, o MySQL se reinicia todas as noites (motivo também desconhecido), mas falha ao reiniciar e aborta. Alguns dias ele reinicia com sucesso e tudo funciona, mas na maioria dos dias isso não acontece, então tive que fazer um script para reiniciá-lo todas as manhãs. Por volta das 8h às 9h UTC, todas as manhãs, o MySQL se reinicia duas vezes, mas falha na segunda reinicialização. Ele falha na inicialização porque não consegue encontrar algum arquivo .-.work init e não sei por quê.

Existem 2 casos que notei com MySQL todas as noites:

  1. Reinicia com sucesso. Mas will diz que executa o arquivo init, ou não executa.
  2. As reinicializações falham. Neste caso é sempre porque não consegue encontrar o arquivo init.

Informações resumidas:

  • O MySQL se reinicia todas as manhãs das 8h às 9h UTC
  • Sucesso na reinicialização do MySQL: Parar > Iniciar > Parar > Iniciar
  • Falha na reinicialização do MySQL: Parar > Iniciar (Abortar/falha) > Parar

Informação adicional:

  • CentOS 6.8
  • MySQL 5.7.17

MySQL falhando devido ao arquivo init:

2018-02-25T08:45:09.782610Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2018-02-25T08:45:09.784928Z 0 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 5.7.17-log) starting as process 11221 ...
2018-02-25T08:45:09.798909Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2018-02-25T08:45:09.798938Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2018-02-25T08:45:09.798960Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2018-02-25T08:45:09.798971Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __sync_synchronize() is used for memory barrier
2018-02-25T08:45:09.798992Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2018-02-25T08:45:09.799007Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2018-02-25T08:45:09.799444Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2018-02-25T08:45:09.799600Z 0 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2018-02-25T08:45:09.801717Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 128M, instances = 1, chunk size = 128M
2018-02-25T08:45:09.816978Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2018-02-25T08:45:09.821022Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
2018-02-25T08:45:09.846219Z 0 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2018-02-25T08:45:10.072617Z 0 [Note] InnoDB: Creating shared tablespace for temporary tables
2018-02-25T08:45:10.072727Z 0 [Note] InnoDB: Setting file './ibtmp1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
2018-02-25T08:45:10.093784Z 0 [Note] InnoDB: File './ibtmp1' size is now 12 MB.
2018-02-25T08:45:10.094893Z 0 [Note] InnoDB: 96 redo rollback segment(s) found. 96 redo rollback segment(s) are active.
2018-02-25T08:45:10.094908Z 0 [Note] InnoDB: 32 non-redo rollback segment(s) are active.
2018-02-25T08:45:10.095372Z 0 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2018-02-25T08:45:10.145560Z 0 [Note] InnoDB: 5.7.17 started; log sequence number 28375479994
2018-02-25T08:45:10.145846Z 0 [Note] InnoDB: Loading buffer pool(s) from /var/lib/mysql/ib_buffer_pool
2018-02-25T08:45:10.145941Z 0 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
2018-02-25T08:45:10.162499Z 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) load completed at 180225  1:45:10
2018-02-25T08:45:10.181824Z 0 [Note] Found ca.pem, server-cert.pem and server-key.pem in data directory. Trying to enable SSL support using them.
2018-02-25T08:45:10.186627Z 0 [Warning] CA certificate ca.pem is self signed.
2018-02-25T08:45:10.188420Z 0 [Note] Server hostname (bind-address): '*'; port: 3306
2018-02-25T08:45:10.188488Z 0 [Note] IPv6 is`enter code here` not available.
2018-02-25T08:45:10.188521Z 0 [Note]   - '0.0.0.0' resolves to '0.0.0.0';
2018-02-25T08:45:10.188545Z 0 [Note] Server socket created on IP: '0.0.0.0'.
2018-02-25T08:45:10.304549Z 0 [ERROR] Incorrect definition of table performance_schema.replication_connection_status: expected column 'RECEIVED_TRANSACTION_SET' at position 7 to have type longtext, found type text.
2018-02-25T08:45:10.305926Z 0 [ERROR] Incorrect definition of table performance_schema.replication_group_member_stats: expected column 'COUNT_TRANSACTIONS_ROWS_VALIDATING' at position 6, found 'COUNT_TRANSACTIONS_VALIDATING'.
2018-02-25T08:45:10.311827Z 0 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
2018-02-25T08:45:10.311944Z 0 [Note] Executing 'SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES;' to get a list of tables using the deprecated partition engine. You may use the startup option '--disable-partition-engine-check' to skip this check.
2018-02-25T08:45:10.311957Z 0 [Note] Beginning of list of non-natively partitioned tables
2018-02-25T08:45:10.880682Z 0 [Note] End of list of non-natively partitioned tables
2018-02-25T08:45:10.880729Z 0 [Note] Execution of init_file '/var/lib/mysql/.-.work.gjy3b8Gov_chCz89' started.
2018-02-25T08:45:10.880806Z 0 [ERROR] /usr/sbin/mysqld: File '/var/lib/mysql/.-.work.gjy3b8Gov_chCz89' not found (Errcode: 2 - No such file or directory)
2018-02-25T08:45:10.880816Z 0 [ERROR] Aborting

Eu sei que o banco de dados se reinicia todas as noites é outro problema a ser investigado, mas não tenho certeza por onde começar com todo esse problema. Por que ele procura esse arquivo? Como está sendo gerado? Como faço para corrigir isso? Toda e qualquer ajuda seria apreciada.

(Editar) Repostado aqui para melhor atender às qualificações do tópico.

(Editar 2) Aqui está o arquivo my.cnf:

    [mysqld]
datadir=/var/lib/mysql
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock

log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid
log_timestamps = UTC

general_log
general_log_file = /var/log/general_query.log
log_error_verbosity = 3
max_allowed_packet = 256M
slow_query_log_file = /var/log/slow-queries.log
slow-query-log

Responder1

Parece que uma das tabelas internas não está configurada corretamente:

Incorrect definition of table performance_schema.replication_connection_status: expected column 'RECEIVED_TRANSACTION_SET' at position 7 to have type longtext, found type text.

Eu sugeriria que o mysql descartasse todos os bancos de dados que você possui e descartasse usuários/permissões usando

mysql -u root -p password --skip-column-names -A -e"SELECT CONCAT('SHOW GRANTS FOR ''',user,'''@''',host,''';') FROM mysql.user WHERE user<>''" | mysql ${MYSQL_CONN} --skip-column-names -A | sed 's/$/;/g' > MySQLUserGrants.sql

limpe o pacote msyql, reinstale o mysql e restaure seus bancos de dados/usuários/permissões.

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