Eu queria saber se alguém pode ajudar. É possível ter uma porta específica aberta em um VPS, mas se você verificar usando um verificador TCP, ela parece fechada ou inacessível? Se for possível, como alguém faria isso no Ubuntu 16.04.
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Sua pergunta é um pouco vaga. Você espera se conectar à porta para alguma coisa, mas esconde que ela está aberta?
Se um serviço estiver em execução e tiver uma porta aberta (SSH, por exemplo, na porta 22), você não poderá 'ocultar' essa porta para scanners de porta e ainda assim esperar poder se conectar a um cliente SSH. Existem truques para isso, como bater em portas, mas isso está além do escopo de como fazer aqui.
Se você tiver a porta 22 aberta, mas não quiser que as coisas se conectem a ela (ou limite quem pode), será necessário usar um firewall para controlar o acesso. Isso pode permitir apenas rede local, IPs específicos, etc.
Existem algumas outras coisas que podemos fazer, mas isso também está além do escopo deste artigo.
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Editar: não percebi o esclarecimento do OP. Deixar a resposta antiga, pois pode ajudar outras pessoas.
Este aplicativo pode estar se comunicando por udp, certifique-se de verificar isso.
Este é um bom caso parabater, que é um pequeno daemon, que escuta todas as conexões no nível da interface e se uma sequência configurada de portas estiver conectada, ele executará um comando específico. Portanto, é possível ocultar seu daemon atrás do firewall e abri-lo apenas para IPs específicos.
Isso ainda deixa a questão do tráfego não criptografado passando pela Internet.
Outra solução seria o encaminhamento de porta ssh.