Isso acontece comigo há anos, na verdade, eu diria. Não testei muitos casos de uso, mas sempre que preciso copiar scpum arquivo grande para outra máquina (geralmente todos rodando Ubuntu Server ou Desktop, de 14.04 a 18.04, dentro de uma rede local ou para um local remoto, de casa, trabalho, universidade, etc.), a velocidade diminui com o tempo. Ele começa, por exemplo, em 2 Mb/s e depois diminui segundo a segundo para atingir velocidades tão baixas quanto 100 Kb/s.
Por que isso acontece e como consertar?