Eu tenho essa regra de reescrita no início do contexto do servidor. Bem antes de qualquer vhosts. Funciona conforme o esperado, exceto quando uma determinada regra de reescrita no contexto vhost é executada. Então esta regra foi perdida.
Eu não esperava que nenhuma regra de reescrita em um contexto vhost tivesse impacto nas regras de reescrita no contexto do servidor. Especialmente quando as regras de reescrita do contexto do servidor estão muito anteriores na configuração.
# Remove Leading WWW and Retain http or https
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.*)$ [NC]
RewriteRule ^ %{REQUEST_SCHEME}://%1%{REQUEST_URI} [R=301,L]
A regra no contexto vhost que impede a execução da regra acima é uma reescrita para executar um script de shell (cgi).
# Run Shell Script
RewriteCond %{REQUEST_URI} !${regex} [NC]
RewriteRule ^.* /cgi-bin/SCRIPT.sh?${QUERY_STRING} [PT,E=dontlog,L,END]
Existem outras regras de reescrita no contexto vhost. Mas apenas este parece impedir a execução da regra de reescrita do contexto do servidor.