Existem muitos exemplos na web de como definir umvariável de ambiente para o usuário atual. É possível definir uma variável de ambiente no Windows para um usuário diferente (que não possui direitos de login?)
Responder1
No editor de registro HKEY_CURRENT_USERexiste apenas um alias para a HKEY_USERS\$SIDentrada do usuário atual.
Então, você só precisa ir até HKEY_USERS\$SID_OF_USER\Environmentpara definir as variáveis lá.
Para obter o SID desse usuário você pode usar este comando:
wmic useraccount where name='username' get sid