O problema é que o adaptador de recebimento SFTP do BizTalk 2020 não exclui o arquivo SFTP após baixá-lo de um servidor MoveIT SFTP.
Este problema já foi relatado, mas ainda não consigo encontrar nenhuma solução on-line:
https://winscp.net/forum/viewtopic.php?t=29529
Aparentemente, é um problema com carimbos de data/hora diferentes retornados dos comandos stat e ls dos servidores MoveIT SFTP:
Estou pensando em escrever algum código C# para excluir manualmente o arquivo como uma solução temporária.
No entanto, gostaria de saber se há planos para corrigir esse problema em uma futura atualização cumulativa do BizTalk.