Alto uso de CPU, baixa espera de IO e baixo tempo de IDLE com apenas 2 processos em execução. Como identifico o processo e o script que está causando isso?

Alto uso de CPU, baixa espera de IO e baixo tempo de IDLE com apenas 2 processos em execução. Como identifico o processo e o script que está causando isso?
iotop
top
SHOW FULL PROCESSLIST

Estou executando isso, mas não sei como ter 100% de certeza do que está causando o problema. Fiz o top e vi que o tempo ocioso estava baixo e a espera de E/S estava alta e o tempo do usuário da CPU estava alto, acho que o culpado é um processo rsync, mas o processo top sempre me mostra que o processo mysqld é o processo que usa o a maior parte da CPU. Então não tenho certeza de como verificar, tentei SHOW FULL PROCESSLIST, mas não me mostra nada particularmente estranho e não me diz que há um rsync, pelo menos não vejo nenhuma consulta SQL, talvez eu perdi, o que significa que já havia desaparecido quando o executei. Existem muitos processos de sono. 603 e apenas 2 não dormem. A% que o processo mysqld usa é de 695% em termos de CPU, e os outros processos abaixo dele estão usando aproximadamente entre 20% a 10% e são processos php-fpm, redis e php. Então, como posso saber se devo atualizar ou não? Acho que precisamos atualizar, mas não sei como verificar o motivo exato.

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