Existe um sitehttps://ccie.pl. Ele solicita uma conexão "não segura" ao usar o endereço IP do site, mas tudo funciona corretamente para o nome de domínio. Qual é a razão mais provável para esse comportamento? Está relacionado à configuração do NGINX/Apache WebServer ou é um problema na configuração dos registros DNS ou talvez a causa deva ser procurada em outro lugar?
Como isso poderia ser corrigido do ponto de vista do administrador do site?
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Um certificado é válido apenas para as disciplinas que contém. Seu certificado contém o nome DNS "ccie.pl", mas não o endereço IP "188.68.255.142", portanto é inválido para este último.
Que eu saiba, Let's Encrypt não emitirá certificados para endereços IP. Não que isso seja grande coisa, IMO, já que os usuários provavelmente usam o nome de domínio de qualquer maneira (ninguém gosta de lembrar um endereço IP, nem mesmo um endereço IPv4).
Se quiser tornar um certificado válido para o endereço IP, você terá que procurar uma CA que emita certificados para IPs.