Percebi que o data_free da tabela information_schema no MySQL está ficando enorme, por exemplo, information_schema.PROCESSLIST.
É possível resolver a fragmentação desta tabela? Não consegui executar a tabela de otimização porque dizia que não tinha permissão para fazê-lo.
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Um palpite...
information_schemaestá contido em um único "tablespace" com "data_free" compartilhado. Ou seja, é como se você tivesse innodb_file_per_table=OFF, mas só para essas tabelas. Uma pista era "as tabelas tinham o mesmo 3783262208". Isto é o que acontece com OFF – o espaço livre não é para nenhuma mesa individual, mas para todas elas combinadas.
3 GB de 6 TB são insignificantes; não se preocupe com isso. Não se preocupe em reiniciar.
Por outro lado, eu me preocuparia com o uso de 6 TB/8 TB de disco. Isso poderia tornar arriscado ALTERuma tabela grande se ela tivesse que "copiar".