Os ambientes de desktop parecem ser os maiores culpados. Tenho o GNOME3 e quero remover o navegador Epiphany padrão porque prefiro o Chromium. Isto, no entanto, requer a desinstalação do próprio GNOME3. A mesma coisa com o GDM, embora eu use o LightDM.
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É uma coisa de simplicidade. Se você quiser quebrar cadeias de dependências, use pacotes personalizados. PODE SER que quando esse pacote for instalado, as coisas simplesmente funcionem, mas há algum problema estranho de dependência que acontece quando não está. O Ubuntu percorreu um longo caminho (e quero dizer astronomicamente longo) nos últimos anos para resolver problemas de cadeia de dependência. Eles ainda arrasam em comparação com distros baseadas em rpm.