Logo depois de atualizar para 13.10, quando faço login após inicializar, uma tela preta com apenas o mouse visível ocupa a tela por um período de tempo.
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Isso acontece comigo porque continuo atualizando versão após versão e minha configuração do compiz não é reconhecida. Se você teve algumas configurações no compiz que foram alteradas, removidas ou renomeadas, a sessão levará algum tempo para começar a tentar ler todas as configurações.
Para ter certeza de que esse é o problema, faça login como convidado (ou crie um novo usuário e faça login com ele) e você verá que o tempo de carregamento é muito menor.
Minha solução há alguns lançamentos foi deletar toda a configuração do meu compiz, forçando o sistema a criar um novo perfil, com:
rm -rvf $HOME/.compiz*
Observe que este comando apagará qualquer personalização que você possa ter feito, como papel de parede, desktops, etc... mas não é difícil recuperar as configurações.
Espero que ajude!