Estou executando o Xubuntu 13.10 e configurei as janelas inativas para serem transparentes. No entanto, existe uma maneira de evitar que uma janela/programa (ou seja, tvtime) se torne transparente.
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Você precisará brincar um pouco com o compiz para conseguir isso. Instale o compizconfig:
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Executá-lo:
ccsm
E na seção Regras do Windows você encontrará esta regra: "Sem recursos visuais ARGB". Você precisa de uma maneira de identificar sua janela, seja o título, a classe, etc:
