Quando ligo meu computador (ubuntu 13.10) o cairo-dock inicia automaticamente, mas inicia no canto inferior direito, como você pode ver na foto. Resolvi o problema de fechar o cairo-dock e inicializá-lo novamente, mas a cada inicialização do sistema tenho o mesmo problema!
https://dl.dropboxusercontent.com/u/43867401/Schermata%20del%202014-02-06%2012%3A43%3A30.png
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Eu tive o mesmo problema no Ubuntu 14.04 Cairo-Dock. Na inicialização, o dock se alinhava à direita da tela e metade dos aplicativos não podiam ser vistos. Para alinhá-lo novamente, tenho que clicar com o botão direito no dock, ir para Cairo-Dock, configurar e antes que a janela de configuração apareça, o dock se realinhará. Então tive que fechar a janela de configuração. Tive que fazer isso toda vez que reiniciei. Tentei desinstalar e reinstalar o Cairo-Dock através da linha de comando, mas não funcionou.
Cliquei com o botão direito no Cairo-Dock, até Cairo-Dock, configure e aguarde a janela de configuração abrir. Vá para a guia de temas à sua direita. Clique no tema que você escolheu e está usando. Vá para aplicar no canto inferior direito. Agora você terá uma escolha, marca verde, continuar e perder quaisquer alterações feitas ou cruz vermelha para cancelar. Consegui pressionar o botão cancelar e meu dock se consertou e abriu corretamente desde então. Pode ser necessário aplicar as alterações se isso não funcionar. Você terá que ajustar todos os seus aplicativos, mas funcionou para mim.
Eu também sou um novo usuário, então deixe-me saber como você foi.