O smart-git não atualiza o arquivo atualizado automaticamente, sempre que for necessário pressionar F5. Estou usando o Ubuntu 14.04.4 LTS e o smart-git 7.1.
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Fiz backup do meu diretório pessoal usando o Git, mas tenho tudo ignorado por padrão (e faço backup apenas dos arquivos que desejo especificamente).
No entanto, se bem entendi, o SmartGit interpreta isso como "ah, esses diretórios são ignorados, não verificarei nenhum arquivo neles", mesmo que eles sejam rastreados em outros repositórios Git.
Anexei esta linha ~/.smartgit/7.1/smartgit.properties
e isso resolveu meu problema:
smartgit.filemonitor.excludeIgnoredDirectories=false