Não tive problemas com isso em 15.04 ou 15.10, então suspeito que isso seja novo em 16.04.
Tenho usado frequentemente o Universal USB Installer para criar Live USBs com um arquivo casper-rw para persistência. Depois que dois deles são feitos, inicializo um, conecto o outro e redimensiono o segundo para abrir espaço para uma partição casper-rw maior que 4 GB. Em seguida, excluo o arquivo casper-rw da partição de instalação primária. Isso permite que o Live USB tenha armazenamento persistente maior que 4 GB.
Eu realizei issocom sucesso muitas vezescom Ubuntu15.04e15h10.
Dito isto, quando faço isso com 16.04, a instalação do Live é interrompida. Ele não inicializará mais. O processo mudou?
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Não consegui usar partições persistentes (casper-rw ou home-rw), com instalações SDC ou Unetbootin de 64 bits pós 12.04 Ubuntu.
As partições persistentes funcionam se eu fizer a unidade usando uma instalação grub2/iso usando MultiBootUSB. Eu entendo que o mkusb também funciona.
Com o 16.04 não consigo nem fazer o drive aparecer no gparted para fazer a partição casper-rw.