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Vá em SystemSettings -> Software&Updates para a guia "Ubuntu Software". Tente definir o campo "Download de" como "Servidor Principal". Tive um problema semelhante com meu servidor predefinido que nem sempre funcionava. Você também pode selecionar a opção "Outro.." em vez de "Servidor Principal". Será aberta uma janela onde você pode clicar em "Selecionar Melhor Servidor" e deixar o Ubuntu encontrar a opção melhor/mais próxima/mais rápida.