Há uma diferença entre os Centros de Software do Ubuntu 14.04 LTS e 16.04 LTS. O Software Center do 14.04 LTS é mais conveniente que o 16.04 LTS, pois os usuários podem adicionar endereços de repositórios de software de terceiros. É minha sugestão que o desenvolvedor do Ubuntu 16.04 LTS forneça a mesma facilidade no 16.04 LTS para atualizar e adicionar repositório de software.
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Sim, há uma diferença, no 16.04 LTS você terá o Gnome-Software-Center em vez do Ubuntu-Software-Center.
Quanto a adicionar repositórios, isso você sempre pode fazer emSystem Settings --> Software & Updates --> Other Software