Meu problema começou depois que atualizei do Ubuntu 14.04 para 16.04. Eu costumava ver vídeos no vlc e não tive problemas com a oscilação dos vídeos. Coisas que eu tentei: reinstalar o vlc, alterar a saída de vídeo, alternar a saída de vídeo acelerada (sobreposição), alternar quadros atrasados, pular quadros, sincronização silenciosa, filtro de vídeo anticintilação de saída de vídeo de sobreposição.
No entanto, o Totem reproduz todos os vídeos perfeitamente.
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o problema foi causado pelas configurações de desentrelaçamento. Agora estou usando o modo de desentrelaçamento yadif.