Os itens de menu não aparecem em Vídeos (aplicativo padrão que reproduz vídeos) e Arquivos e em muitos outros aplicativos. Isso aconteceu após a reinicialização em 16.04 lts.
Quando passo o mouse, ele apenas exibe os botões minimizar/maximizar/fechar.
PS. Devo esclarecer: os menus estão disponíveis para alguns outros aplicativos, como VLC, Chrome,...
Na verdade, parece-me que isso afeta apenas os aplicativos padrão que foram instalados inicialmente, e não os adicionados posteriormente (como vlc, chrome).
PS. Após uma reinicialização, tudo volta ao normal. :)