Tenho o Mac OS X El Capitan e o Ubuntu 16.04 instalados no meu iMac 27 "(final de 2012). Não há problema em conectar meu teclado bluetooth e trackpad no Ubuntu. Posso reiniciar no Ubuntu repetidamente. Ainda funciona bem na inicialização! No entanto, se eu inicializar no OS X, terei que emparelhá-los novamente e, se eu reiniciar no Ubuntu, eles deverão ser reconectados (faço isso com um mouse óptico USB).
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a maioria dos mouses e teclados BT só podem ser emparelhados com um computador (um sistema operacional para ser específico). Eu tive o mesmo com o mouse Win/Ubuntu e MS Sculpt
Você pode tentar usar a mesma chave, veja aqui Como posso evitar ter que emparelhar meu mouse bluetooth o tempo todo?