Fiz muitas manipulações ao tentar instalar o driver NVIDIA na minha máquina Debian, sem sucesso.
Eu apaguei tudo relacionado à GUI do debian ( x11-common, xorg, gdm3, gnome, gnome-shell, xserver-xorg-core, xserver-xorg-video-*, nvidia-*).
Agora acabei de acessar o modo console durante a inicialização e gostaria de reinstalar a GUI do debian (gnome), mas não sei em que ordem devo instalar todos os componentes acima.
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(Instale e) execute tasksele selecione o que deseja.
Responder2
Acabei de ter o mesmo problema em minha máquina Debian/Ubuntu/Mint fazendo-a funcionar com uma Nvidia GTX-960M. Eu fiz funcionar livrando-me de tudo como você fez e, em seguida, adicionando xorg-edgers ppa e instalando o driver nvidia-352.
sudo add-apt-repository ppa:xorg-edgers/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install nvidia-352
Eu também tive que atualizar para o kernel Linux 4.5.4