como salvar uma linha como um arquivo com nomes de números de contadores

Question

Eu tenho um arquivo como este:

VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA
MKLELLLAFKYLIPKRKRLSSSIVSAFSMGIVALVVWLSVVFMSVIHGLQQRWVGDLASLHSSIRIEPSDKYYESYYYQIDSHAEASQYIYKTIGEKLLCEQTDPYDPDVDFLLPEAFPDPEFSDNGEMIDPVRTANERMLSLFSSRKGSFVEFEEGMGHVHMDRAFRGHKGEPRALSQYIAYSSDILYQQRMLPFEETDYSTEVLNRFNASSEGWLADFLVLQEKFRGMSVILPVVYRDQGYRVGDTASLSVFSVKKEGEVRFPLRVIGFYNPGVSPFGGKTIFIDKELAASIRSESEGLGMHNGWQVFLPSVQDIPVMKQSIQKIFKESEVSSYWEISSLYDYEFFKPILDQLQSDQVLFSIVSFIVLIVACSNIVTMSILLVNNKKKEIGILKAMGVSSSRLQLVFGLCGACSGLVGALLGSILAALTLKNLGILTHWLSKLQGREAFNPSFFGEQLPQDFHLPTVICLSLGALVLAAISGAIPAQHVARMQVSDILKSE
MVILVEAKHISKVIQQQDVCIPILKDVSFQLHAGEVVAITGASGSGKSSLLHLLGTLDQPSSGQILFFGKQVRREELPIFRNCRIGFIFQNFYLLEDDSVINNVLMPAQIARKDTGQKSKARERALALLESVGLVDRRDEKGSLLSGGEKQRVAIARALMNDPEIVLADEPSGNLDHRTADTIHELLLALAEKHRGVLIVTHDRELAEKCHREEILRDGTLMQRQ
LKDTVTPNYHPGMIRRFRPLTQTSTRSGYHKSE
LHVSCLEWLSMITFTRTPLRIAWARAKKNSGLKKIYIKTKILSVAWLIAFKIIFDAALGIKRWIGM
LADPVTTVWKSANIVFLCWRVLPLVRRKTTLEF
LARRRSGSFRGGRRSVFGSLVFSLGSGEHLLGDGY
VGARVRIDANRLSIPSMIVFIANNRRGLWVTIPF
VEEVGSGGLKRSLYFKEEEPCTLITLRSWLEKKET

Quero que cada linha do arquivo seja salva em um arquivo próprio cujo nome seja o número da linha do original ( 1, 2, 3, etc.). Também preciso adicionar uma linha antes de cada sequência, começando com a >e depois com o número da linha.

Então, 1.txtseria:

>1
VLLKHCGRMRRFLIRNLRSFLSHISLNTLKSQESKV

e 2.txt:

>2
LLSSQAKMYFSLRENFYLEGGIETTFVPSGEVYSRSFLKGISRI

e assim por diante. Como posso fazer isso?

Answer 1

Você poderia usar awk:

awk '{print > NR".txt"}' file

NRé o número da linha atual em awk, então o comando acima imprimirá cada linha em um arquivo cujo nome é o número da linha atual mais .txt.

Se você realmente deseja que as sequências tenham um >prefixo, use isto:

awk '{print ">"$0 > NR".txt"}' file

E se você quiser o formato FASTA correto (cada sequência precedida por uma linha começando com >e um nome de sequência), use isto:

awk '{printf ">%s\n%s\n",NR,$0 > NR".txt"}' file

Isso produzirá arquivos como:

$ cat 3.txt 
>3
LNPNALPTSPISENWVMVRPIVAQISLRRMTPSAIGAQTEMA