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As mensagens mostram que há um conflito entre um pacote de 32 bits e um pacote de 64 bits. Isso pode ter acontecido como resultado da mistura de repositórios de locais diferentes (não há informações suficientes na pergunta para esclarecer isso).
No entanto, você poderá remover o32 bitspacote sem perturbar nada do que você realmente precisa. Em vez de
yum remove gnutls
se você fez
yum remove gnutls.i686
você veria uma lista menor, talvez pequena o suficiente para decidir remover esses programas – talvez temporariamente – e então fazer a atualização. Se os pacotes removidos incluíssem algo que você precisava, você poderia adicioná-lo novamente nesse ponto.
Leitura adicional: