Quando uso Numix ( apt install numix-gtk-theme; gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme "'Numix'"), recebo barras de rolagem no estilo antigo. Espero que haja alguma maneira de ativar barras de rolagem de sobreposição, mesmo em alguns aplicativos que não as suportam por padrão.
Se não existe essa solução geral, vamos pelo menos nos concentrar no Numix.