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Não é possível instalar o pacote geojson para R

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Não é possível instalar o pacote geojson para R

Eu tenho Ubuntu 16.04 e R 3.4.3. Quando eu corro

install.packages("geojson", dep=TRUE)

em R, recebo o seguinte erro:

a dependência 'protolite' não está disponível para o pacote 'geojson'

Portanto eu corro

install.packages("protolite", dep=TRUE)

ao qual recebo:

Configuration failed because protobuf was not found. Try installing:
 * deb: libprotobuf-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: protobuf-devel (Fedora, EPEL)
 * csw: protobuf_dev (Solaris)
 * brew: protobuf (OSX)
If protobuf is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a protobuf.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

No entanto, executando protoc --versionno terminal eu recebo

libprotoc 2.6.1

Parece que tenho a versão mais recente instalada. Eu também tentei copiar protobuf.pce /usr/lib/pkconfig/configurar PKG_CONFIG_PATHcom

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig

sem sucesso. Não sei como verificar se pkg-configestá no meu PATH, nem como seguir as últimas instruções do manual. Em particular, não sei para quais diretórios devo escrever INCLUDE_DIR=...e LIB_DIR=....

Como devo proceder?

Responder1

Você pode instalar seus pacotes R com as seguintes ações

#1. add R 3.4.3 repository if not added before
cat <<EOF | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/r-cran.list
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/
EOF

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9

#2. add repository for libjq-dev
sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/jq

#3. update package lists
sudo apt-get update

#4. install R and dependencies
sudo apt-get install r-base-dev r-base-core libjq-dev libcurl4-openssl-dev \
libssl-dev libprotobuf-dev libjq-dev libv8-3.14-dev protobuf-compiler

#5. launch R and install geojson package:
R
> install.packages("geojson", dep=TRUE)

Responder2

Acabei de descobrir que meu /usr/bin/pkg-config(versão 0.29.1 incluído no Ubuntu 18.04) tem muitos bugs. Ele não examina os diretórios mencionados em PKG_CONFIG_PATH (diretórios personalizados não foram vistos no debug spew). Tive que construir uma versão mais recente (0.29.2) a partir do código-fonte. Isso resolveu meu problema.

Espero que ajude alguém

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