Eu excluí o diretório sources.list.d /etc/apt/do meu sistema Ubuntu 16.04. Agora, não sei como obter esse diretório.
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Por padrão, esse diretório está vazio, e se você tinha algum arquivo lá, mas excluiu o diretório permanentemente (por rm -rfexemplo), você não pode recuperar facilmente os arquivos de qualquer maneira, então é apenas uma questão de criar o diretório novamente, como @karel mencionado em o comentário acima:
sudo mkdir /etc/apt/sources.list.d