Nas versões anteriores, o Nautilus manteve minhas preferências de classificação de colunas. Não é mais o caso.
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Na verdade, não é mais assim que funciona. Atualmente, o Nautilus lembra as preferências da última janela alterada como padrão para uma nova janela.
O Nautilus costumava lembrar uma configuração por pasta em versões (muito) mais antigas. No gerenciador de arquivos bifurcado, nemo, ainda funciona assim.