Eu executo o mesmo código Python3 em vários computadores para plotar dados. Em um deles tenho Ubuntu 16.04, os outros são Kubuntu 18.04 e 18.10. No Kubuntu o enredo está completamente confuso, o que eu encontro no Ubuntu é definitivamente o certo.
As características da bagunça também diferem de tempos em tempos e de computador para computador. Então esses pontos às vezes seguem uma tendência horizontal, às vezes fica completamente bagunçado, mas não consegui encontrar nenhuma diferença sistemática no ambiente.
O tamanho físico do gráfico no Kubuntu também é menor do que deveria ser.
Eu encontrei o mesmo problema no enredo de alguns (mas não todos) dos meus outros programas também. Então, para alguns códigos, é igual ao que recebo da máquina Ubuntu, às vezes é como na imagem abaixo.
Instalei o matplotlib via pip3 e tkinter da mesma maneira em todos os computadores, portanto acho que a única diferença é a distribuição e a versão. Também tentei executá-lo em Python2, mas a saída é a mesma. (Embora possa haver outros aspectos que não considero.)
A imagem superior é do Kubuntu, a inferior é do Ubuntu para o mesmo conjunto de dados.
Você tem alguma ideia do que pode dar errado?