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Você pode usar wmctrl. Por exemplo, para mover a janela do gerenciador de atualização para x=10, y=10 com largura=400, altura=400:
wmctrl -r :SELECT: -e '0,10,10,400,400'
A opção -r :SELECT: significa que você pode selecionar a janela que deseja redimensionar/mover após inserir o comando.