Preciso desfragmentar o HDD externo. Eu uso o Kubuntu 16.04.6 LTS. Existe uma ferramenta de desfragmentação para fazer isso ou devo procurar um amigo com Windows? Ou talvez uma ferramenta do Windows que funcione via Wine?
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Se você tiver espaço livre em disco suficiente, poderá usar parted ou gparted para reduzir a partição fragmentada um pouco mais da metade. Em seguida, crie uma nova partição NTFS para preencher os não alocados. Formate a nova partição. Copie todos os arquivos (não usando dd, mas com um comando de cópia de arquivo como "cp -a") da partição antiga para a nova. Agora exclua a partição fragmentada e expanda a nova partição para usar a quantidade original de espaço em disco. A nova partição será desfragmentada.
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Se o seu sistema de arquivos atual for NTFS, você deverá usar o Windows para desfragmentar. Devido à forma como o NTFS funciona, ele ficará fragmentado novamente em breve.
Para EXT4 existe o e4defrag que roda nativamente e faz um bom trabalho. Os sistemas de arquivos EXT4 também são menos propensos à fragmentação.