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Não sei o que causa isso, mas encontrei uma solução.
Entrei no painel Gnome Tweaks (instalado a partir do Ubuntu Software) e alterei o tamanho da fonte em Fontes para 1.01 e de volta para 1.00. Isso resolveu.
Se você não estiver usando o Gnome Tweaks, poderá fazê-lo também em Configurações, mas funcionou para mim.