Ambos os arquivos estão sendo usados para passar parâmetros para o kernel. então qual é exatamente a diferença entre os dois? Qual é a finalidade de cada arquivo?
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grub.confdiz ao bootloader para passar os parâmetros para o kernel, semelhante a como os parâmetros são passados para um programa normal.
sysctlé outro nome para os arquivos de configuração /proc/sys/que refletem a configuração do tempo de execução do kernel.
sysctl.confé apenas o arquivo de configuração do comando, sysctl --systemque por si só é apenas um simples wrapper em torno dos arquivos de configuração reais em/proc/sys/
Muitas opções são as mesmas, sejam passadas pelo carregador de boot ou via sysctl, mas algumas opções só podem ser usadas pelo carregador de boot, como nokaslr, por motivos técnicos.
A vantagem de usar sysctlem vez de grub.confé que não é necessário reinicializar para que as alterações ocorram.