OK, então eu estava criando um PDF com o Inkscape usando imagens da web. Copiei e colei todos no Inkscape, nada de estranho, mas toda vez que copiei uma nova imagem para a área de trabalho do Inkscape de alguma forma as imagens que já estavam lá foram substituídas pela imagem que acabei de copiar. Não sei se é um recurso do Inkscape ou algo parecido, ou poderia ser o Ubuntu.
Bem, eu certamente não sei o que é, mas é bastante chato.
Além disso, isso afeta os arquivos PDF que já foram criados. Digamos que eu tenha um PDF com a imagem de um cachorro, clico em copiar e escolho a imagem de um gato, o arquivo PDF é editado, mesmo quando não está em uso.
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Melhor palpite: você está apenas vinculando as imagens dentro do arquivo PDF e toda vez que você copia uma nova imagem, a antiga é substituída (talvez causada por um gerenciador da área de transferência).
Existem duas maneiras de incluir uma imagem raster no Inkscape: vincular a ela (então você precisará do PDF e do arquivo de imagem para ver o documento inteiro) ou incorporá-la (então o PDF também conterá os dados da imagem).
Eu salvaria a imagem que você deseja no disco e depois a importaria no Inkscape (Arquivo > Importar...):
e selecione "incorporar" na caixa de diálogo acima.