Atualmente tenho o Ubuntu e o Windows 7 em discos rígidos idênticos, mas separados. Eu queria usar uma partição NTFS na unidade Ubuntu para permitir o compartilhamento de arquivos entre dois sistemas operacionais, mas quando formatei essa partição, acidentalmente dei um tiro no pé ao excluir minhas informações de inicialização. Portanto, agora devo reformatar e reinstalar meu sistema operacional Windows porque excluí acidentalmente meu BOOTMGR e, quando o fizer, gostaria de saber se devo colocar cada sistema operacional na mesma unidade e fazer com que o outro seja uma unidade de dados em NTFS, ou devo configurá-lo do jeito que eu tinha de novo. Além disso, já faz um tempo desde a última vez que o configurei, então como faço para selecionar onde quero que a pasta com todas as informações de inicialização vá, ou devo colocar em sua própria partição em algum lugar.
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Você não precisa necessariamente apagar a partição do Windows. Basta inicializar o CD do Windows e clicar em "Reparar seu computador". Você terá que restaurar o Grub2 posteriormente (veja a página wiki do grub2 ubuntu).
Como não é possível, colocar os sistemas operacionais em dispositivos diferentes é provavelmente a decisão mais inteligente devido a falhas no HDD. Coloque o Grub2 no primeiro disco rígido e o Windows no segundo, para que ambos possam inicializar de forma independente.
É claro que você também pode experimentar o RAID para dados ou até mesmo para sua partição Ubuntu.
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Se você decidiu instalar dois sistemas operacionais separados, eu diria que instalá-los em um e usar outro como dados dedicados é definitivamente a melhor escolha. Ele permite que você isole seus sistemas operacionais de grandes dados, como mídia, e você não fique preso a representações dependentes do sistema operacional, como C:/Users/username/Documents/Videos[oops, barra invertida... certo.] ou /home/username/Videos. Você pode ter uma hierarquia limpa que pode ser montada onde quiser.
Criar uma partição de inicialização separada é inteiramente uma questão de preferência pessoal. Em algumas de minhas máquinas eu uso múltiplas distribuições de Linux, então é bom que elas possam compartilhar essas informações. No seu caso, porém, não vejo realmente nenhum benefício.
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Eu sugeriria instalar ambos os sistemas operacionais e uma "unidade de dados" NTFS dedicada (partição) no primeiro disco rígido e usar a segunda unidade para backup. Você pode criar regularmente imagens de disco da primeira unidade para poder fazer restaurações completas do sistema ou de partições individuais e usar um utilitário de backup de pasta/arquivo "em tempo real" para manter uma cópia atualizada da unidade de dados .
Atualmente, estou usando o Acronis True Image (Windows) para criar imagens de disco, mas já usei o PartImage no passado e posso voltar para um gerador de imagens de disco baseado em Linux, vários dos quais estão disponíveis.
Para backup em tempo real, eu uso inosync (http://bb.xnull.de/ ouhttp://github.com/hollow/inosync) no Linux e Quick Shadow Backup (http://quicklytech.com/) no Windows, para fazer backup da mesma partição de dados usada por ambos os sistemas operacionais.