Quero sincronizar apenas arquivos com um determinado prefixo em uma pasta. Existe alguma maneira de fazer com que o Ubuntu sincronize apenas esses arquivos ou ignore outros arquivos?
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No momento, não há uma boa maneira de excluir determinados arquivos de determinados diretórios. Dito isso, você pode ignorar certos tipos de arquivo especificando expressões regulares em:/etc/xdg/ubuntuone/syncdaemon.conf
Veja a parte ignore.default dele.