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Seu /boot e /boot/efi estão em partições separadas. O firmware UEFI espera corrigir os arquivos ausentes na partição do sistema EFI, que está montada em/boot/efi, mas agora eles estão em/boot.
Mova os arquivos para /boot/efi ou, melhor ainda, mescle os dois sistemas de arquivos para que a partição do sistema EFI seja montada em /boot.