Tenho tentado adicionar coisas ao painel e alterar a ordem dos ícones no inicializador, mas não surtiu efeito. É como se as alterações não fossem salvas. Eu mudo alguma coisa, fecho o editor dconf, bloqueio e volto novamente e nada mudou.
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A versão 3D do Unity é implementada como um plugin para o Compiz, portanto usa o armazenamento de preferências do Compiz (separado das preferências armazenadas para a versão 2D do Unity).
Essas preferências ainda estão armazenadas no GConf (que pode ser editado através do gconf-editorprograma). As configurações nas quais você provavelmente está interessado são encontradas em /apps/compiz-1/plugins/unityshell/screen0/options.
Alternativamente, você pode usar compizconfig-settings-managerpara obter uma visão um pouco mais estruturada das configurações do plugin.