Tenho sérios problemas de desempenho com o flash no Ubuntu 11.10. o problema se manifesta quando tento reproduzir arquivos flash grandes em sites de hospedagem como goillavids.com e similares. a reprodução começa normalmente e, depois de 10 minutos ou mais, a taxa de quadros fica cada vez mais baixa, até chegar a 2 fps. o arquivo inteiro é carregado e o áudio está bom. isso acontece no meu equipamento principal (i5, 8 gb, radeon hd5450) e no meu laptop (i3, 4 gb, gráficos intel hd). depois de inicializar no Windows, os arquivos são reproduzidos bem. Não tive problemas com vídeos do YouTube, pois geralmente não são tão longos.
Já experimentei com chromium e firefox com o flash player do restrito e com o flash player da adobe, tudo se comporta igual.
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Acho que você pode tentar a solução sugerida aqui, instalando o plugin flash-aid no Firefox, que foi desenvolvido por um membro do ubuntu-forums e aplica alguns truques para melhorar o desempenho do Flash no Ubuntu:
http://ubuntudigest.blogspot.com/2011/10/how-to-solve-flash-problems-on-ubuntu.html