O Firefox afirma que é o navegador padrão (Editar -> Preferências -> Avançado -> Verificar agora), o Aplicativo Preferencial também o lista como padrão, mas x-www-browserexecuta o Chrome. Existe realmente mais de uma configuração para o navegador padrão do Ubuntu?
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Honestamente, não sei onde fica a configuração Firefox/Aplicativo Preferencial. No entanto, o x-www-browser é gerenciado pelo sistema "alternativas" no dpkg. Você pode alterá-lo interativamente digitando isto em um prompt de comando:
sudo update-alternatives --config x-www-browser
Portanto, não é uma resposta completa, mas pode permitir que você resolva as coisas e siga em frente :)
Atualizar Esta página descreve onde o Gnome mantém suas configurações de aplicativos preferenciais. A página refere-se ao Linux Mint, mas os mesmos princípios devem ser aplicados:http://www.libre-software.net/change-the-default-application-linux-mint-ubuntu
Então sim, eles são diferentes.