Percebi isso ao sincronizar uma pasta com centenas de milhares de subpastas do meu Ubuntu local de 32 bits (10.04, ext3) para meu VPS remoto de 64 bits (10.04 ext3).
O tamanho do diretório local é centenas de M maior que o do servidor remoto.
Acontece que a diferença é causada pelos diferentes tamanhos das pastas -
$ uname -a
Linux <> 2.6.39.1-x86_64-<> #1 SMP Tue Jun 21 10:04:20 EDT 2011 x86_64 GNU/Linux
$ ls -ld electronics/
drwxr-xr-x 12 jerry jerry 4096 2012-01-22 06:13 electronics/
$ uname -a
Linux <> 2.6.32-37-generic #81-Ubuntu SMP Fri Dec 2 20:35:14 UTC 2011 i686 GNU/Linux
$ ls -ld electronics/
drwxr-xr-x 12 jerry jerry 12288 2012-01-22 14:13 electronics/
A questão é: por que os tamanhos das pastas são diferentes? E quando eu instalo um novo Ubuntu, como torná-los o menor possível?