Se eu preparar um usb de inicialização do Ubuntu com unetbootin ou criador de disco de inicialização, ele não inicializa no meu pc. Mas se eu formatar a mesma unidade no Windows e reiniciar no Linux para criar o USB inicializável, ele funciona.
(Sim, primeiro devo formatar a unidade USB no Windows 7 para que o Linux inicialize).
Eu tenho uma placa-mãe Gigabyte GA-880M-USB3.
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Minha experiência é que tanto o UNetbootin quanto o usb-creator como o FAT32. Algumas unidades flash vêm formatadas em FAT16. Tive sorte ao formatar unidades Live usando o gparted do Live CD.